Hakkımızda About Hizmetler Services Süreç Process İletişim Contact
Hassas Onkoloji ÇözümleriPrecision Oncology Solutions

Tümör Biyolojisini
Veriye Dönüştürüyoruz

Translating Tumor Biology
into Actionable Data

CTC izolasyonu, hasta kaynaklı organoid (PDO) ilaç testleri, multi-omik analizler ve metagenomik çözümlerle translasyonel araştırma ekiplerine uçtan uca hizmet sunuyoruz.

We provide end-to-end services for translational research teams — CTC isolation, patient-derived organoid (PDO) drug testing, multi-omic analyses and metagenomic solutions.

Hizmetlerimizi Keşfet → Explore Our Services → İletişime Geçin Get in Touch
Scroll
4+
Uzmanlık Alanı
Service Areas
B2B
Klinik & AR-GE
Clinical & R&D
NGS
Multi-Omik Platform
Multi-Omic Platform
PDO
İlaç Duyarlılık Testi
Drug Sensitivity Testing
Hakkımızda
About Us

Bilimi Klinikle
Buluşturuyoruz

Bridging Science
with the Clinic

Marmara Üniversitesi GEMHAM Laboratuvarı bünyesinde faaliyet gösteren Cellformatics; CTC izolasyonundan multi-omik veri entegrasyonuna kadar geniş bir yelpazede translasyonel araştırma ve klinik AR-GE ekiplerine destek verir. Memorial Göztepe Hastanesi klinik ortaklığıyla gerçek hasta örnekleri üzerinde geliştirilen standart protokollerimiz araştırmanızı hızlandırır.

Based at Marmara University GEMHAM Laboratory, Cellformatics supports translational research and clinical R&D teams across a broad spectrum — from CTC isolation to multi-omic data integration. Our standardized protocols, developed on real patient samples through our clinical partnership with Memorial Göztepe Hospital, accelerate your research.

🏥
Memorial Göztepe Hastanesi

Klinik Araştırma Ortağı

Clinical Research Partner

🎓
Marmara Üniversitesi

GEMHAM Laboratory

🔬
Standart Protokoller
Standardized Protocols

Gerçek hasta örnekleri üzerinde geliştirilmiş

Developed on real patient samples

Cellformatics Laboratory — Cell Culture Suite, Bioinformatics and Microscopy
Hizmetlerimiz
Our Services

Uzmanlık Alanlarımız

Areas of Expertise

Solid tümörlerden liquid biopsy'ye, hasta kaynaklı modellerden metagenomiğe kadar translasyonel araştırmanın tüm boyutlarında çözüm.

Solutions across all dimensions of translational research — from solid tumor liquid biopsy to patient-derived models and metagenomics.

CTC isolation workflow — Blood Collection, Microfluidic Filter, Fluorescence Detection, Enumeration
Liquid Biopsy

Solid Tümörlerde CTC Sayımı ve İzolasyonu

CTC Enumeration & Isolation in Solid Tumors

Dolaşımdaki tümör hücrelerinin invaziv olmayan şekilde izlenmesi

Non-invasive monitoring of circulating tumor cells

CTCRT-qPCREpCAM / CD45Enrichment

Periferik kandan CTC zenginleştirme, sayım ve izolasyonu; moleküler analiz ile kültür uygulamalarına uyumlu protokoller ve çalışma tasarımı desteği.

CTC enrichment, enumeration and isolation from peripheral blood; protocols compatible with downstream molecular analysis and culture, plus study design support.

Neler Sunuyoruz?
What We Offer
  • Periferik kandan CTC zenginleştirme ve izolasyon
  • CTC enrichment and isolation from peripheral blood
  • CTC sayımı ve raporlanması
  • CTC enumeration and reporting
  • Moleküler analiz ve kültür uygulamalarına uyumlu izolasyon
  • Isolation compatible with molecular analysis and culture
  • Çalışma tasarımı desteği (hasta grupları, zaman noktaları, ölçüm planı)
  • Study design support (patient groups, time points, measurement plan)
Çıktılar
Outputs
  • Standartlaştırılmış CTC sayım raporu
  • Standardized CTC enumeration report
  • İzole fraksiyonun kalite ve uygunluk değerlendirmesi
  • Quality and suitability assessment of the isolated fraction
  • Klinik ve araştırma amaçlı yorumlanabilir özet metrikler
  • Interpretable summary metrics for clinical and research use
👥Onkoloji klinikleri · Cerrahi/medikal onkoloji ekipleri · Klinik araştırma grupları · Biyoteknoloji ve ilaç AR-GE ekipleriOncology clinics · Surgical/medical oncology teams · Clinical research groups · Biotech and pharma R&D teams
Patient-Derived Organoid drug sensitivity — IC50 dose-response curve
Drug Sensitivity

PDO Üretimi ve İlaç Duyarlılık Testleri

PDO Culture & Drug Sensitivity Testing

Tümörün gerçekçi laboratuvar modeliyle fonksiyonel tedavi yanıtı değerlendirmesi

Functional treatment response assessment with a realistic in vitro tumor model

PDOIC₅₀ / EC₅₀Drug ScreeningBiobanking

Hasta tümör örneğinden organoid kurulumu ve biyobankalaması; geniş ilaç paneli üzerinden doz-yanıt temelli tarama; isteğe bağlı genomik/transkriptomik entegrasyon.

Organoid establishment and biobanking from patient tumor samples; dose-response-based screening across broad drug panels; optional genomic/transcriptomic integration.

Neler Sunuyoruz?
What We Offer
  • Hasta tümör örneğinden organoid kurulumu, genişletilmesi ve biyobankalanması
  • Organoid establishment, expansion and biobanking from patient tumor samples
  • Geniş panel üzerinden tek ajan ve kombine ilaç taramaları
  • Single-agent and combination drug screening across broad panels
  • Doz-yanıt temelli analiz (IC₅₀/EC₅₀ metrikleri, yanıt sınıflaması)
  • Dose-response analysis (IC₅₀/EC₅₀ metrics, response classification)
  • Genomik/transkriptomik sonuçlarla entegratif yorum (isteğe bağlı)
  • Integrative interpretation with genomic/transcriptomic results (optional)
Çıktılar
Outputs
  • Standart ilaç duyarlılık raporu (doz-yanıt eğrileri, yanıt sıralaması)
  • Standard drug sensitivity report (dose-response curves, response ranking)
  • PDO üretim süreci ve kalite kontrollerini içeren teknik rapor
  • Technical report covering PDO production process and quality controls
  • Klinik ve araştırma kararlarını destekleyen yorumlanabilir sonuç özeti
  • Interpretable result summary supporting clinical and research decisions
👥Klinisyenler · Translasyonel araştırma laboratuvarları · İlaç geliştirme ve ilaç keşfi ekipleriClinicians · Translational research labs · Drug development and drug discovery teams
Multi-omics integration — Genomics Transcriptomics Proteomics Metabolomics Gene Expression
NGS · Multi-Omics

Genomik & Fonksiyonel Genomik Analizleri ve Multi-Omik Entegrasyon

Genomic & Functional Genomic Analyses & Multi-Omic Integration

NGS tabanlı uçtan uca biyoinformatik ve multi-omik entegrasyon çözümleri

NGS-based end-to-end bioinformatics and multi-omic integration solutions

NGSRNA-seqEpigenomicsProteomicsMetabolomics

Genomik, transkriptomik, epigenomik, proteomik ve metabolomik veri analizini tek çatı altında; varyant çağırma, diferansiyel ifade, yolak analizleri ve multi-omik entegrasyon.

Genomic, transcriptomic, epigenomic, proteomic and metabolomic data analysis under one roof; variant calling, differential expression, pathway analyses and multi-omic integration.

Neler Sunuyoruz?
What We Offer
  • Varyant çağırma, anotasyon ve klinik yorumlamaya uygun genomik raporlama
  • Variant calling, annotation and clinically interpretable genomic reporting
  • RNA-seq: diferansiyel ifade, yolak/ağ analizleri, imza çıkarımı
  • RNA-seq: differential expression, pathway/network analyses, signature extraction
  • Epigenomik: metilasyon/erişilebilirlik temelli analizler
  • Epigenomics: methylation/accessibility-based analyses
  • Multi-omik entegrasyon: ortak biyobelirteçler, hedef adayları, risk katmanlama
  • Multi-omic integration: shared biomarkers, target candidates, risk stratification
Çıktılar
Outputs
  • Tekrarlanabilir tek-omik ve multi-omik analiz raporları
  • Reproducible single-omic and multi-omic analysis reports
  • Makale ve proje uyumlu şekiller, tablolar ve yöntem özetleri
  • Publication and project-ready figures, tables and methods summaries
  • Aday biyobelirteçler, hedefler ve mekanistik hipotezleri içeren sonuç dosyaları
  • Result files containing candidate biomarkers, targets and mechanistic hypotheses
👥Akademik araştırma grupları · Klinik araştırmalar · Biyoteknoloji/ilaç firmaları · Veri odaklı translasyonel tıp ekipleriAcademic research groups · Clinical trials · Biotech/pharma companies · Data-driven translational medicine teams
Gut microbiome profiling — 16S rRNA metagenomic sequencing, taxonomy sunburst chart
Metagenomics

Metagenomik Veri Üretimi ve Biyoinformatik Analizleri

Metagenomic Data Generation & Bioinformatic Analyses

Mikrobiyal çeşitlilik, fonksiyonel potansiyel ve konak–mikrobiyota ilişkileri

Microbial diversity, functional potential and host–microbiota relationships

16S rRNAWGSα/β-DiversityMicrobiome

Çalışma tasarımı danışmanlığı; kalite kontrol, taksonomik ve fonksiyonel profilleme; karşılaştırmalı analizler ve klinik değişkenlerle entegrasyon.

Study design consulting; quality control, taxonomic and functional profiling; comparative analyses and integration with clinical variables.

Neler Sunuyoruz?
What We Offer
  • Çalışma tasarımı danışmanlığı (örnekleme planı, kovaryatlar, batch etkileri)
  • Study design consulting (sampling plan, covariates, batch effects)
  • Metagenomik veri analizi: kalite kontrol, taksonomik ve fonksiyonel profilleme
  • Metagenomic data analysis: quality control, taxonomic and functional profiling
  • Karşılaştırmalı analizler: çeşitlilik metrikleri, ilişkilendirme analizleri
  • Comparative analyses: diversity metrics, association analyses
  • Klinik değişkenlerle entegrasyon, çok değişkenli modeller (isteğe bağlı)
  • Integration with clinical variables, multivariate models (optional)
Çıktılar
Outputs
  • Taksonomik/fonksiyonel profiller, çeşitlilik analizleri ve özet istatistikler
  • Taxonomic/functional profiles, diversity analyses and summary statistics
  • Yayına uygun grafikler ve yorumlanabilir sonuç raporu
  • Publication-ready graphics and interpretable result report
  • Yeniden üretilebilir analiz çıktıları (proje gereksinimine göre)
  • Reproducible analysis outputs (according to project requirements)
👥Mikrobiyota odaklı araştırmalar · Klinik kohort çalışmaları · Gıda/sağlık biyoteknolojisi projeleri · AR-GE ekipleriMicrobiome-focused research · Clinical cohort studies · Food/health biotech projects · R&D teams
Nasıl Çalışıyoruz?
How We Work

Projeden Rapora: Sürecimiz

From Project to Report: Our Process

Her projeye özel, şeffaf ve tekrarlanabilir iş akışıyla çalışıyoruz.

We work with a project-specific, transparent and reproducible workflow.

01

Başlangıç Görüşmesi

Initial Consultation

Proje hedefleri, örnek tipleri ve çalışma tasarımı üzerine detaylı değerlendirme

Detailed assessment of project goals, sample types and study design

02

Protokol Belirleme

Protocol Definition

Projeye özgü SOP ve kalite kontrol parametrelerinin tanımlanması

Definition of project-specific SOPs and quality control parameters

03

Laboratuvar & Analiz

Lab & Analysis

GEMHAM Laboratuvarı altyapısında deneysel uygulama ve veri üretimi

Experimental execution and data generation at GEMHAM Laboratory

04

Biyoinformatik & Yorumlama

Bioinformatics & Interpretation

Tekrarlanabilir pipeline'larla analiz, istatistik ve biyolojik yorumlama

Analysis with reproducible pipelines, statistics and biological interpretation

05

Rapor & Teslimat

Report & Delivery

Klinik ve araştırma amaçlı, makaleye uygun kapsamlı rapor teslimi

Comprehensive, publication-ready report delivery for clinical and research use

Hedef Kitlemiz
Who We Serve

Kimler İçin Çalışıyoruz?

Who Do We Work With?

🏥

Onkoloji Klinikleri

Oncology Clinics

Tanı, prognoz ve tedavi takibinde liquid biopsy çözümleri

Liquid biopsy solutions for diagnosis, prognosis and treatment monitoring

🔬

Translasyonel Araştırma Laboratuvarları

Translational Research Labs

Hasta kaynaklı model ve multi-omik analiz desteği

Patient-derived model and multi-omic analysis support

💊

İlaç Geliştirme Ekipleri

Drug Development Teams

PDO tabanlı ilaç duyarlılık taraması ve AR-GE hizmetleri

PDO-based drug sensitivity screening and R&D services

🧪

Akademik Araştırma Grupları

Academic Research Groups

NGS analizi, biyoinformatik danışmanlık ve veri entegrasyonu

NGS analysis, bioinformatics consulting and data integration

🌱

Biyoteknoloji Girişimleri

Biotech Startups

Konsept kanıtlama ve platform doğrulama çalışmaları

Proof-of-concept and platform validation studies

🦠

Mikrobiyota Araştırmacıları

Microbiome Researchers

Metagenomik analiz ve mikrobiyota-hastalık ilişkilendirme çalışmaları

Metagenomic analysis and microbiome-disease association studies

İletişim
Contact

Projenizi Birlikte Tasarlayalım

Let's Design Your Project Together

Araştırma hedefinizi paylaşın, size özel çözüm önerimizi ileteyim.

Share your research goal and we will get back to you with a tailored proposal.

📧
E-posta / Email
info@cellformaticsbiotechnology.com
🌐
Website
cellformaticsbiotechnology.com
📍
Adres
Address
GEMHAM Lab · Marmara Üniversitesi · İstanbul
GEMHAM Lab · Marmara University · Istanbul, Turkey
🤝
Klinik Ortaklık
Clinical Partnership
Memorial Göztepe Hastanesi